Parallel-rDock

・バーチャルスクリーニング、ドッキング計算

開発責任者

奥野 恭史（京都大学大学院医学研究科 教授）

主な開発者

岩田 浩明（京都大学大学院医学研究科 特定助教）
荒木 望嗣（京都大学大学院医学研究科 特定准教授）

内容

スパコンを用いてタンパク質-化合物ドッキング計算を高速に実行する。

どんなことができるか

大規模な有機化合物ライブラリから、標的タンパク質に結合する医薬品候補を高速にスクリーニングできる。

関係論文

【方法論開発】
[1] Ruiz-Carmona S, Alvarez-Garcia D, Foloppe N, Garmendia-Doval AB, Juhos S, Schmidtke P, Barril X, Hubbard RE, Morley SD, "rDock: a fast, versatile and open source program for docking ligands to proteins and nucleic acids." PLoS Comput Biol. 10(4):e1003571 (2014)

使用例

CDK2タンパク質を計算題材とし、活性・デコイ化合物群の高い分類能力（AUC=0.8）を達成した。（参考文献[1] ）

マニュアル・チュートリアル資料

問い合わせ先：荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp) にご連絡ください。

関連する教科書

神谷 成敏,肥後 順一,福西 快文,中村 春木.「タンパク質計算科学―基礎と創薬への応用―」.共立出版，2009

ソフトウェアのホームページ・入手方法

入手先・ライセンスについては、問い合わせ先：荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp) にご連絡ください。

問い合わせ先

荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp)