創薬ビッグデータ統合システム

DirectionalStatistics

・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定
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開発責任者
山下雄史(東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授)

主な開発者
山下雄史(東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授)

内容
ペプチド・タンパク質の2面角群に対して、周期性を考慮した平均・分散を算出する。

どんなことができるか
タンパク質・ペプチドの変異や修飾などによって起こる平均構造と揺らぎの変化を簡便に抽出することができる。

関係論文
[1]Miyanabe, et al. (2018). Biochemistry, 57(28), 4177-4185.

[2]Yamashita, T. (2018). International immunology, 30(4), 133-140.

[3] Yamashita, T. (2016). Biomed. Sci, 2, 34.

[4]T. Yamashita, AIP Conf. Proc. 1790 (2016) pp. 020026.

使用例
1. CCR5由来ペプチドの平均構造・揺らぎが硫酸化によって受ける影響(参考文献[1])。
2. 抗体が抗原を結合した際の平均構造・揺らぎの変化(参考文献[4])

マニュアル・チュートリアル資料
文献[4]。
詳細は下記の問い合わせ先にご確認ください。

関連する教科書
Kanti V. Mardia, Peter E. Jupp. Directional statistics (Vol. 494), John Wiley & Sons, 2009

ソフトウェアのホームページ・入手方法
問い合わせ先にご確認ください。

問い合わせ先
山下 雄史 (yamashita@lsbm.org)

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