APOマルチコンフォーメーション生成
タンパク質間ネットワーク推定
| SCUBA | |
| 開発責任者 | 石田 恒（量子科学技術研究開発機構 上席研究員） |
| 全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行する | |
| WaterHall | |
| 開発責任者 | 山下 雄史（東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授） |
| MDシミュレーションで得られる構造ファイル群に対して、計算位相幾何学的にタンパク質周囲の水分子分布を特徴付ける | |
| DirectionalStatistics | |
| 開発責任者 | 山下 雄史（東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授） |
| ペプチド・タンパク質の２面角群に対して、周期性を考慮した平均・分散を算出する | |
| Naive Bayes Classifier | |
| 開発責任者 | 山下 雄史（東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授） |
| ペプチド・タンパク質の構造をナイーブベイズ分類器によって、構造変化を検知する | |
| FUJI force field | |
| 開発責任者 | 藤谷 秀章（東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授） |
| 高精度タンパク質力場 | |
| GENESIS | |
| 開発責任者 | 杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員） |
| タンパク質、膜、核酸、糖鎖など、生体内分子系のための分子動力学ソフトウェア | |
| generalized Replica-Exchange with Solute Tempering (gREST) | |
| 開発責任者 | 杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員） |
| 生体分子系の一部の温度を向上させることでサンプリング効率を向上させる | |
| generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with Replica-Exchange Umbrella Sampling (gREST/REUS) | |
| 開発責任者 | 杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員） |
| gREST法とREUS法を組合せることでリガンド-タンパク質結合のサンプリング効率を向上させる | |
| generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with a flat-bottom restraint | |
| 開発責任者 | 杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員） |
| gREST法によってリガンドのサンプリングを加速し、リガンド結合ポーズを予測する | |
| Gaussian accelerated Replica-Exchange Umbrella Sampling (GaREUS) | |
| 開発責任者 | 杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員） |
| Gaussian accelerated Molecular Dynamics (GaMD)法とREUS法を組合せることで生体分子の構造サンプリングの効率を向上させる | |
| TSMD（Tree Search Molecular Dynamics Simulation） | |
| 開発責任者 | 津田 宏治（東京大学大学院 新領域創成科学研究科 教授） |
| タンパク質のフォールディングの過程を、高速にシミュレーションすることができる | |
| dPaCS-MDMSM | |
| 開発責任者 | 北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授) |
| タンパク質複合体の解離シミュレーションによってタンパク質複合体の結合エネルギー・解離速度定数・結合速度定数を計算。 | |
| evERdock | |
| 開発責任者 | 北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授) |
| タンパク質ータンパク質ドッキングによって生成した大量のデコイから全原子モデルを使った高速計算で結合自由エネルギーを評価することによって尤もらしいものを選択する | |
| CafeMol | |
| 開発責任者 | 高田 彰二 (京都大学 大学院理学研究科 教授) |
| 生体分子の粗視化分子動力学シミュレーション | |
その他の計算手法を見る場合は、下記のフロー図より選択してください。
