Free Energy Perturbation (FEP)

・結合自由エネルギー計算

開発責任者

杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室　主任研究員）

主な開発者

尾嶋 拓 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）
李 秀栄 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）

内容

標的タンパク質とリガンドの結合親和性を精密に計算する

どんなことができるか

・複数の医薬候補に対して結合親和性計算をすることで、薬効の高いリガンドを予測することができる
・リガンドー標的タンパク質の相互作用を解析することで新規医薬の設計に役立つ

関係論文

【参考文献】
[1] H. Fujitani, Y. Tanida, A. Matsuura, Phys. Rev. E 79, 021914 (2009)

[2] S. Boresch, F. Tettinger, M. Leitgeb, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 107, 9535-9551 (2003)

[3] J. Wang, Y. Deng, B. Roux, Biophys. J. 91, 2798-2814 (2006)

使用例

FKBPとリガンドの結合親和性計算に適用し、実験結果をよく再現できることを示した。

マニュアル・チュートリアル資料

マニュアルは　https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorial/　からダウンロード可能

関連する教科書

M.P.Allen，D.J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. Oxford Science Publications，2017

ソフトウェアのホームページ・入手方法

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/

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