SCUBA（Simulation Codes for hUge Biomolecule Assembly）
・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定開発責任者
石田 恒（量子科学技術研究開発機構 上席研究員）主な開発者
石田 恒（量子科学技術研究開発機構 上席研究員）内容
全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行する。どんなことができるか
・X線回折、NMR、電子顕微鏡像による構造情報が存在するタンパク質、核酸などの動態の分子動力学シミュレーション。・例として、ホリデイジャンクションの動態、リボソームの動態、DNAヒストン複合系（ヌクレオソーム）など。
関係論文
[1] Hidetoshi Kono, Shun Sakuraba and Hisashi Ishida, Free energy profiles for unwrapping the outer superhelical turn of nucleosomal DNA, PLOS Comput. Biol., (2018), 14, e1006024[2]Hisashi Ishida and Hidetoshi Kono, H4 tails potentially produce the diversity in the orientation of two nucleosomes, Biophys. J., (2017), 113, 978-990
[3]Hisashi Ishida and Atsushi Matsumoto, Mechanism for verification of mismatched and homoduplex DNAs by nucleotides-bound MutS analyzed by molecular dynamics simulations, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, (2016), 84, 1287-1303
[4]Hisashi Ishida and Atsushi Matsumoto, Free-energy landscape of reverse tRNA translocation through the ribosome analyzed by electron microscopy density maps and molecular dynamics simulations, PLOS ONE, (2014), 9, e101951
[5]Hisashi Ishida, Essential function of the N-termini tails of the proteasome for the gating mechanism revealed by molecular dynamics simulations, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, (2014), 82, 1985-1999
使用例
1. DNA-タンパク質複合体の自由エネルギー計算（参考文献[１]、[２]）2. タンパク質基質の自由エネルギー計算（参考文献[５]）
3. DNA構造解析（参考文献[３]）
4. 電子顕微鏡像解析（参考文献[４]）
