Virtual Ligand (VL) method
・複合体マルチコンフォーメーション解析開発責任者
奥野 恭史（京都大学大学院医学研究科 教授）主な開発者
荒木 望嗣（京都大学大学院医学研究科 特定准教授）内容
仮想リガンドによりタンパク質ポケット空間を膨張させた後、化合物ドッキング・MD/MM-PBSA法により医薬品化合物の結合ポーズを予測する。どんなことができるか
ポケットが閉じているタンパク質アポ構造を初期値として、医薬品化合物の結合ポーズを精度高く推定する事ができる。関係論文
【方法論開発】[1] Araki M, Iwata H, Ma B, Fujita A, Terayama K, Sagae Y, Ono F, Tsuda K, Kamiya N, Okuno Y., "Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach." J. Comput. Chem. 39(32) 2679-2689 (2018)
