CafeMol

・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定

開発責任者

高田 彰二 (京都大学 大学院理学研究科 教授)

主な開発者

検崎博生 (理化学研究所)
Cheng Tan
Diego Ugarte (京都大学 大学院理学研究科)
寺川剛 (京都大学 大学院理学研究科 助教)
Wenfei Li

内容

生体分子の粗視化分子動力学シミュレーション

どんなことができるか

タンパク質、核酸、脂質など生体分子、およびその複合体の分子シミュレーションにより、その動態を見ることができる。

関係論文

【参考文献】
Hiroo Kenzaki, Nobuyasu Koga, Naoto Hori, Ryo Kanada, Wenfei Li, Kei-ichi Okazaki, Xin-Qiu Yao, and Shoji Takada , CafeMol: A coarse-grained biomolecular simulator for simulating proteins at work, Journal of Chemical Theory and Computation , 7: 1979-1989, 2011

使用例

ウェブサイト参照　http://www.cafemol.org/

マニュアル・チュートリアル資料

ウェブサイトからダウンロード可能　http://www.cafemol.org/

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ソフトウェアのホームページ・入手方法

ウェブサイトからソースコード、マニュアル、使用例などをダウンロード可能

問い合わせ先

cafemol@theory.biophys.kyoto-u.ac.jp