創薬ビッグデータ統合システム

TSMD(Tree Search Molecular Dynamics Simulation)

・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定
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開発責任者
津田 宏治(東京大学大学院 新領域創成科学研究科 教授)

主な開発者
寺山 慧 (理化学研究所 革新知能統合研究センター)

内容
タンパク質のフォールディングの過程を、高速にシミュレーションすることができる。

どんなことができるか
創薬のターゲットを絞り込む際に、タンパク質のフォールディングの過程を知ることで、重要な知見を得ることができる。

関係論文
【参考文献】
[1] K. Shin, D. P. Tran, K. Takemura, A. Kitao, K. Terayama, and K. Tsuda, "Enhancing biomolecular sampling with reinforcement learning: tree search molecular dynamics simulation method," ACS Omega, 2019.

使用例
タンパク質Chignolinのフォールディングパス解析(参考文献[1])

マニュアル・チュートリアル資料
www.github.com/tsudalab/TSMD

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ソフトウェアのホームページ・入手方法
www.github.com/tsudalab/TSMD

問い合わせ先
津田 宏治(tsuda@k.u-tokyo.ac.jp)
   
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