generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with a flat-bottom restraint

・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定

開発責任者

杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員）

主な開発者

新津 藍 （理化学研究所杉田理論分子科学研究室 基礎科学特別研究員）
李 秀栄 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）
尾嶋 拓 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）
神谷 基司 (自然科学研究機構分子科学研究所 技術職員）

内容

gREST法によってリガンドのサンプリングを加速し、リガンド結合ポーズを予測する

どんなことができるか

・リガンドの結合ポーズを予測できる
・標的タンパク質に結合するリガンドと結合しないリガンドを分類できる
・リガンドの結合の自由エネルギー面を計算することで、リガンドの結合サイトへの侵入経路を明らかにできる

関係論文

【方法論の開発】
[1] A. Niitsu, S. Re, H. Oshima, M. Kamiya, Y. Sugita, J. Chem. Inf. Model. 59, 3879-3888 (2019)

使用例

T4リゾチーム L99Aのリガンド結合に適用し、結合するリガンドと結合しないリガンドを正しく分類することができた。結合するリガンドの場合は複合体の結晶構造を再現することができた。（参考文献[1]）

マニュアル・チュートリアル資料

マニュアルはGENESISのページのダウンロードサイトからダウンロード可能です。
https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorial/

関連する教科書

M.P.Allen，D.J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. Oxford Science Publications，2017

ソフトウェアのホームページ・入手方法

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/

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